5000多年的前的大西洋上，有一塊叫做「亞特蘭提斯」的大陸和文明。某天，亞特蘭提斯大陸神秘地沉入大西洋中。東黎族最後的孑遺被託付給白海豚露嘉，露嘉將這個小男孩送到一個日本小漁村附近懸崖下的山洞裡。小男孩被一個漁夫阿松發現並收養。13年後，這個小男孩長成少年，被取名為「東東」，東東在一次偶然的機會得知自己的身世，並遭到毀滅東黎族的博賽族所追殺。海王子歷經千難萬險，在露嘉等眾海豚和其他海洋生物的幫助之下，最後一路殺回大西洋亞特蘭提斯的舊址，打敗了博賽族。但付出的代價卻是一個最為驚人的真相......
